Se dispone de dos sistemas de auditorias internas, el derivado del sistema de calidad y el correspondiente a la auditoria administrativa y financiera.El sistema de calidad cuenta con un programa de auditorias internas bimensuales adelantada por un equipo de 17 auditores debidamente entrenados y capacitados.
El departamento de contraloría mantiene un estricto control de los procedimientos administrativos y adicionalmente la revisoría fiscal (externa) se encarga de observar el adecuado progreso de la institución.
En el cumplimiento de las normas de BPM se llevan a cabo auto-inspecciones por lo menos dos veces al año. Para ISO-9002 una vez certificados en mayo del 2010, LABORATORIOS SIEGFRIED S.A. es auditada bimensualmente por la auditoria interna de la compañía y semestralmente por BVQI hasta completar la vigencia del certificado.
De esta manera los entes certificadores verifican que el sistema de calidad se mantiene, mejora y permanece conforme a los requisitos de las normas respectivas.
El nivel de conformidad con los requisitos de GMP es de un 95%